До начала Великой Отечественной войны в запасниках ВИРа хранилось около 250 тысяч образцов семян зерновых культур, масличных, картофеля и других видов культурных растений, собранных селекционером Николаем Вавиловым по всему миру в течение 20 лет.
Летом 1941 года фашисты подступали к городу, и, чтобы спасти уникальную коллекцию, было принято решение об эвакуации института. В ручной клади эвакуированных сотрудников удалось спасти часть семян, однако, самую большую и наиболее ценную часть Вавиловской коллекции не удалось вывезти, она вернулась в здание института на Исаакиевской площади – в самом центре осажденного Ленинграда.
Невзирая на голод и холод, научная деятельность в институте не прекращалась. В институте регулярно проводились заседания Ученого совета ВИР. Часть отделов и лабораторий включилась в научно-исследовательскую работу, имевшую непосредственно оборонное значение.
Но самое главное, необходимо было сохранить для будущих поколений самый большой генный фонд семян в мире. До сих пор неизвестно точное количество человек, работавших в то время в институте, считается, что около 30 человек, 19 из которых – не дожили до освобождения города, погибли от голода. Наверное, только преданность делу и помогала им выживать в осаждённом Ленинграде. И не только держаться – но ещё и изнемогая от голода, сохранять нетронутыми съедобные семена. Как и остальным служащим, ВИРовцам ежедневно выдавали по 125 граммов хлеба. Хранитель семенного фонда Рудольф Янович Кордон создал строгий распорядок посещения хранилища. Коллекция заполняла 16 комнат, в которых никогда не оставался кто-то один. Все двери в помещения с научным материалом были заперты на два замка и опечатаны сургучом, заходить туда можно было только в случае крайней необходимости по 3-4 человека. Было установлено круглосуточное дежурство по зданию.
Настоящей бедой были крысы. Грызуны пробирались на полки и сбрасывали оттуда жестяные банки с зёрнами, от удара банки открывались, семена ссыпались на пол. Сотрудники института стали соединять стопками несколько банок между собой с помощью верёвок — сбросить или открыть их стало невозможно.
Чтобы семена не испортились, нужно было сохранять температуру в помещениях хотя бы на нулевой отметке и топить самодельные печи. В январе и феврале температура воздуха опускалась порой до –36-40оС. С наступлением холодов был забит главный вход, окна первого этажа заколотили досками.
Самым тяжёлым было сохранение коллекции клубней картофеля. Чтобы сберечь их жизнеспособность, необходимо было высадить клубни в землю. Весной 1942 года под обстрелом немецкой артиллерии возобновилась посевная на участках совхозов и подсобных хозяйств Ленинградской области. На протяжении трёх последующих лет посадки повторялись, их приходилось маскировать от бомбёжек и охранять от грабителей. Вместе с сотрудниками института созданием овоще-картофельной базы в кольце блокады занимались простые граждане, ленинградцы. ВИРовцы стали одними из организаторов работы по выявлению полезных трав в пригородах Ленинграда, регулярно читать лекции по использованию в пищу дикорастущих растений.
Блокаду не пережили только теплолюбивые растения — бананы, корица и инжир. Некоторые образцы из субтропических стран, из высокогорных районов утратили свою всхожесть, но в основном коллекция осталась жизнеспособной.
Сотрудники ВИР ценой своей жизни и здоровья сохранили мировую коллекцию, собранную Вавиловым и его соратниками, и продолжили его работу в послевоенное время. Две трети зерна, которое хранится в институте сегодня, — это потомки тех семян, которые удалось сберечь в блокаду.