Защита леса в Ленинградской области начинается с 1938 года. В этот год Центральный научно-исследовательский институт лесного хозяйства (нынешний СПбНИИЛХ) выпускает справочник по защите леса и лесопродукции от вредителей и болезней леса. Все изменения структуры производственного управления охраной и защитой лесов Ленинградской области, происходящие в середине 20 века, прослеживаются с трудом. В те годы происходили многочисленные изменения в государственной системе управления лесами. Это был сложный путь переходов лесного хозяйства в структуры различных ведомств, достаточно перечислить лишь часть из них: с 1937 по 1946 - Главное управление лесоохраны и лесонасаждений при Совнаркоме СССР, с 1947 по 1953 - Министерство лесного хозяйства СССР, с 1953 по 1959 - Главное управление лесного хозяйства и полезащитного лесоразведения Минсельхоза СССР, с 1959 по 1963 - Главное управление лесного хозяйства и охраны леса при Совете Министров РСФСР, с 1963 по 1965 - Государственный комитет по лесной, деревообрабатывающей, целлюлозно-бумажной промышленности и лесного хозяйства при Госплане СССР, с 1966 по 1971 - Государственный комитет лесного хозяйства Совета Министров СССР. В середине 70-х в Ленинграде упраздняется Лесопатологическая экспедиция при Всесоюзной лесоустроительной конторе «Леспроект» и функции по защите леса возлагаются на «Станцию защиты леса», которая была в структуре Сосновского лесхоза Ленинградской области. Позже Станция вошла в структуру Ломоносовского лесхоза Ленинградской области. Несмотря на то, что специалисты станции числились в составе лесхозов, подчинялись и отчитывались они непосредственно перед Государственным комитетом лесного хозяйства, располагающимся в Москве, т.е. уже тогда служба защиты леса формировалась как федеральная структура. В 1990 году начались изменения связанные с перестройкой. «Станция по борьбе с вредителями и болезнями леса» спустя два года была введена в состав Комитета по лесу Ленинградской области, функционировала тогда она как отдел Комитета. Затем в 1994 году была предпринята попытка выделить «Станцию» в самостоятельную организацию, но из-за слабого финансирования попытка оказалась неудачная, и отдел остался в структуре Комитета. В 2000 году Комитет по лесу Ленинградской области был присоединён к Департаменту природных ресурсов по Северо-Западному региону, а в апреле 2002 года Департамент был разделён на Департамент государственного контроля и перспективного развития в сфере природопользования и охраны окружающей среды МПР России по Северо - Западному федеральному округу и Главное управление природных ресурсов и охраны окружающей среды МПР России по Санкт - Петербургу и Ленинградской области. В таком варианте управление лесами просуществовало ещё 2 года, после чего было учреждено Агентство лесного хозяйства по Ленинградской области. Внутри агентства существовал отдел охраны и защиты леса, в котором должность начальника занимал Сергей Николаевич Штрахов. В 2006 году Агентство реформировали и в соответствие с новым Лесным кодексом РФ (принятом в 2006 году) были введены функции управления лесами, которые были возложены на Комитет по природным ресурсам и охране окружающей среды Ленинградской области и функции контроля за исполнением переданных отдельных полномочий РФ в области лесных отношений - Департамент лесного хозяйства по Северо-Западному федеральному округу. Практически одновременно, в соответствии с Приказом ФГУ «Российский центр защиты леса» № 259-ф от 10 ноября 2006 года, был учреждён филиал ФГУ «Рослесозащита» - «ЦЗЛ Ленинградской области». В 2006 году организационная структура Филиала включала административно-управленческий аппарат и следующие отделы: защиты леса и лесопатологического мониторинга, информационно-аналитический, радиологии, «Ленинградская лесосеменная станция», «Карельская лесосеменная станция». Первым руководителем стал Сергей Николаевич Штрахов. Через полтора года существования Центра защиты леса Ленинградской области на должность директора филиала назначили Романа Николаевича Глебова, занимавшего до этого должность начальника информационно-аналитического отдела филиала, а с октября 2016 года должность директора филиала занимает Евгений Геннадьевич Студеникин. Общая лесопокрытая площадь территории, на которой Центр защиты леса выполняет работы (в части исполнения полномочий Российской Федерации в области защиты леса и воспроизводства лесов), составляет 18,9 млн.га - это Ленинградская, Мурманская области и Республика Карелия. В 2009 г. в филиале была создана почвенно-химическая лаборатория, которая оснащена новейшим оборудованием, в частности, эмиссионным спектрометром параллельного действия с индуктивно-связанной плазмой ICPE-9000, спектрофотометром УФ-видимого диапазона UVmini-1240, анализатором общего углерода TOC-VE, и другим вспомогательным оборудованием, которое позволяет проводить исследования в области агрохимии на самом современном уровне. Лаборатория соответствует требованиям действующих методик по определению минерального состава (P, Ca, K, Mg, Mn, Cu, Pb, Cd, Zn, Al, Fe, Cr, Ni, S, Hg, Na и т.д.), содержанию углерода, азота, а также определению физического состояния почв. На основании приказа ФБУ «Рослесозащита» от 23.05.2016 № 152-ф, в целях надлежащего выполнения государственного задания в части мониторинга состояния лесных генетических ресурсов и контроля за оборотом репродуктивного материала лесных растений при воспроизводстве лесов был сформирован Отдел мониторинга состояния лесных генетических ресурсов. В 2011 году в связи с изменением типа существующего федерального государственного учреждения «Российский центр защиты леса» в соответствии с приказом Федерального агентства лесного хозяйства от 14 марта 2011 года № 70, Центр защиты леса Ленинградской области был переименован в Филиал федерального бюджетного учреждения «Российский центр защиты леса» «Центр защиты леса Ленинградской области». Филиал имеет удалённый отдел «Карельская лесосеменная станция», располагающийся в городе Петрозаводске Республики Карелия, в настоящий момент отделом руководит специалист, который работает в нём с момента создания – Романовский Александр Николаевич. В январе 2020 года создан отдел дистанционных наблюдений и геоинформационных систем. В задачи отдела входит выполнение работ по выявлению (инвентаризации) земель, не занятых лесными насаждениями и требующих лесовосстановления, с использованием технологий дистанционного зондирования Земли, а также по дистанционному наблюдению за санитарным и лесопатологическим состоянием лесов в рамках осуществления государственного лесопатологического мониторинга. Данные работы успешно выполняются специалистами отдела на землях лесного фонда четырех субъектов РФ (Калининградская, Ленинградская, Мурманская области и Республика Карелия).
